Следует отметить, что Магомедовы могли иметь давние «деловые» отношения с сотрудниками управления «К». После ареста в 2019 году замначальника управления Дмитрия Фролова банкир Александр Френкель, осужденный за убийство зампреда ЦБ Андрея Козлова, спустя 11 лет после своего приговора неожиданно заявил, что хотел бы дать показания о причастности братьев Магомедовых к этому преступлению. Адвокат Френкеля прямо указал на то, что желание его подзащитного связано именно с арестом замначальника управления «К». Из слов Френкеля следует, что братья Магомедовы, предположительно, имея отношение к преступлению, находились под протекцией сотрудников управления «К», которые сфальсифицировали дело против банкира. Однако суть показаний Френкеля пока не известна — проверкой его заявления в настоящее время занимается Следственный комитет. Кроме того, необходимо обратить внимание на еще одного фигуранта дела братьев Магомедовых — Романа Грибанова. Согласно сведениям источника Центра «Досье», связанного с ФСБ (s1), он является родственником Сергея Грибанова — полковника ФСБ, который до марта 2017 года работал в управлении «М», что в очередной раз позволяет предположить связь братьев Магомедовых с ФСБ.

Директор фонда «Русь Сидящая» Ольга Романова высказывает предположение о том, что дело против Магомедовых может быть связано с переделом сфер влияния внутри ФСБ. Она также утверждает, что бизнес Магомедовых был бы невозможен без тесных связей с руководителем СЭБ Юрием Яковлевым и начальником управления «К» Виктором Ворониным — по ее словам, они не только «крышевали» рынок обналичивания, где ГК «Диамант» Магомедовых была крупным игроком, но и должны были давать согласие на большинство сделок, в результате которых братья вошли в список Forbes. Кроме того, Романова напоминает, что Магомедовы управляли активами «Зарубежнефти»: «Официально оформленное управление активами такой госкомпании не могло сложиться без хороших отношений в ФСБ образца конца 1990-х — начала 2000-х». В 2016 году оба генерала ушли в отставку, а их преемники не планировали соблюдать старые договоренности, в результате чего Магомедовы вскоре стали жертвой перераспределения сфер влияния между новыми руководителями СЭБ ФСБ и другими управлениями.

Примечательно, что незадолго до ареста Магомедовых министром сельского хозяйства был назначен сын бывшего директора ФСБ Дмитрий Патрушев. Как пишет «Новая газета», «пересев в кресло федерального министра, сын секретаря Совбеза России долго добивался ротации в руководстве ОЗК». Вскоре после ареста братьев Магомедовых их доли в Объединенной зерновой компании (ОЗК) и Новороссийском комбинате хлебопродуктов (НКХБ) получил банк ВТБ, в котором должность вице-президента занимает Дмитрий Бортников — сын действующего директора ФСБ. Это позволяет предполагать, что высшее руководство ФСБ может иметь коммерческую заинтересованность в уголовном преследовании Зиявудина и Магомеда Магомедовых.

Отдельно стоит отметить и то, что именно сотрудники управления «К» в дальнейшем провели выемку документов у более чем 20 других участников агропромышленного рынка, хотя, эти предприятия курирует седьмой отдел управления «П» СЭБ ФСБ.

Согласно источникам телеканала «Дождь», еще одной причиной уголовного преследования могла быть роль Магомедовых во французском деле против их конкурента и члена Совета Федерации России Сулеймана Керимова. По информации «Дождя», сенатор был задержан с подачи Магомедовых, что «было сочтено Москвой как предательство». В пользу этой версии говорит тот факт, что семья Керимовых незадолго до ареста Сулеймана Керимова стала партнером бизнеса, тесно связанного с ФСБ, — а именно компании «Российские наукоемкие технологии» (РНТ), которая занимается системной интеграцией и разработкой средств в сфере информационной безопасности.