Вопрос о преемственности органов госбезопасности не может быть решен исходя из того, в чьем ведении находится архив службы, и должен рассматриваться только на основании правовых актов, лежащих в основе существования тех или иных структур.

С 1934 года правовое регулирование органов госбезопасности базировалось на подзаконных актах. В 1959 году Советом Министров СССР был утвержден документ, который устанавливал правовые основы деятельности КГБ, однако он был засекречен. Первым нормативным правовым актом, регулирующим деятельность КГБ, стал Закон СССР «Об органах государственной безопасности в СССР», принятый за полгода до распада Советского Союза.

На протяжении нескольких десятков лет Россия не имела, в отличие от других союзных республик, собственного республиканского КГБ. Лишь в мае 1991 года в рамках взятого Ельциным курса на независимость России от союзного центра был подписан протокол об образовании Комитета государственной безопасности РСФСР, имеющего статус союзно-республиканского госкомитета. Его руководителем был назначен выходец из КГБ Виктор Иваненко.

До августа 1991 года в штате КГБ РСФСР состояло всего несколько человек. После поражения ГКЧП в ведение КГБ РСФСР начали переходить российские региональные управления госбезопасности, ранее находившиеся в подчинении КГБ СССР. 1 ноября 1991 года в состав КГБ РСФСР из КГБ СССР были переданы 7-е Управление (наружное наблюдение), Оперативно-техническое управление и 12-й отдел (прослушивание телефонов).

После путча ускорился переток структур и кадров бывшего общесоюзного КГБ в республиканский КГБ, который 26 ноября 1991 года был преобразован в Агентство федеральной безопасности РСФСР (АФБ РСФСР) — самостоятельную спецслужбу постсоветской России.

С распадом СССР общесоюзное ведомство МСБ перестало существовать как орган власти. 19 декабря 1991 года (в канун Дня чекиста) Ельцин предпринял попытку создать суперведомство (на базе российских АФБ, МВД РСФСР и упраздняемых МВД СССР и Межреспубликанской службы безопасности) — Министерство безопасности и внутренних дел (МБВД) России. Инициаторами реформы выступили высокопоставленные милицейские руководители, близкие в тот момент к Ельцину, — последний министр внутренних дел СССР Виктор Баранников (назначен главой министерства) и его заместитель Виктор Ерин.

Попытка Ельцина перевести госбезопасность в подчинение милиции, создав единое Министерство безопасности и внутренних дел РСФСР (МБВД РСФСР), была встречена демократически настроенными политиками в штыки, так как слишком напоминала создание печально известного НКВД, объединявшего в себе правоохранительную и контрразведывательную структуры.

Руководитель АФБ Виктор Иваненко выступил против инициативы президента в Конституционном суде, который, рассмотрев этот вопрос, 14 января 1992 года признал создание МБВД незаконным. В постановлении суд отметил, что «разделение и взаимное сдерживание служб государственной безопасности и внутренних дел призвано обеспечить конституционный демократический строй и является одной из гарантий против узурпации власти». Иваненко был смещен с должности, а АФБ было соединено с умирающей МСБ (Межреспубликанской службой безопасности) в новое ведомство  — Министерство безопасности Российской Федерации, во главе которого Ельцин поставил сотрудника правоохранительных органов Виктора Баранникова.

Министерство безопасности — первая относительно стабильная ельцинская спецслужба, просуществовавшая почти два года. На ее примере хорошо видно, что несмотря на коренной слом политической и экономической систем в стране, спецслужбы в России остались в руках старой советской силовой номенклатуры.

Однако кадровую основу МБ РФ уже в 1991—1992 годах составили выходцы из КГБ и сотрудники МВД СССР.

27 июля 1993 года Ельцин снял Баранникова с должности министра безопасности за нарушение этических норм, а также за серьезные недостатки в работе, в том числе по руководству пограничными войсками. Временно исполняющим обязанности был назначен заместитель Баранникова Николай Голушко. Во главе структуры госбезопасности снова встал кадровый чекист. В своих «Записках президента» Ельцин объяснял отставку министра коррупционными связями с Борисом Бирштейном, главой фирмы Seabeco. Еще одной вероятной причиной отставки Баранникова послужили события на таджикско-афганской границе 13 июля того же года, когда в результате нападения моджахедов погибли 25 российских пограничников.

В конце сентября — начале октября 1993 года произошел так называемый октябрьский путч, в ходе которого бывший руководитель АФБ РСФСР и МБ РФ генерал армии Виктор Баранников перешел на сторону путчистов. 21 сентября Конституционный суд РФ санкционировал отрешение Ельцина от должности президента, и на следующий день было издано Постановление  Верховного Совета РФ о возвращении Баранникова на должность министра безопасности РФ. Как и в августе 1991 года, высокопоставленный руководитель спецслужбы оказался в числе главных заговорщиков. Однако уже 4 октября, после штурма Дома Советов, Баранников был арестован, а в феврале 1994 года амнистирован.

По всей видимости, Ельцину стала очевидной необходимость радикально решить вопрос с чекистскими структурами. 21 декабря 1993 года президент издал Указ № 2233  об упразднении Министерства безопасности Российской Федерации и создании Федеральной службы контрразведки Российской Федерации. В этом указе он провозгласил окончание эпохи советских спецслужб и начало новой истории российской контрразведки.

Указ № 2233: разрыв преемственности де-юре

Упразднение Министерства безопасности России должно было положить конец всевластию чекистов. Создавалось новое ведомство — Федеральная служба контрразведки, в состав которой должны были войти только переаттестованные сотрудники.