Скорее всего, уголовное дело Алексея Улюкаева действительно было вызвано его позицией по приватизации «Башнефти». Улюкаев высказывался против этой сделки, а также, как утверждает источник Центра «Досье» (s1), сотрудничавший с УСБ ФСБ, «исподтишка чинил мелкие препятствия», чем и навлек на себя гнев Сечина. Неслучайно и присутствие в этой истории Андрея Костина. Как сообщал телеканал «Дождь» со ссылкой на собственные источники, Улюкаев был недоволен тем, что банк ВТБ получил 30 миллионов долларов из бюджета за организацию сделки, хотя не прикладывал существенных усилий к ее осуществлению. В связи с этим министр попросил передать Сечину просьбу премировать сотрудников Минэкономразвития. Однако, по словам источника Центра «Досье», знакомого с Улюкаевым (s1), идея обратиться к Сечину принадлежала именно Костину. Ранее министр нередко просил у главы ВТБ финансовой помощи, поскольку неудачно вкладывал деньги. После одной из таких просьб Костин и направил его к Сечину, добавив, что «Игорь Иванович — человек понимающий». После того как Улюкаев последовал совету, Сечин обратился в ФСБ. В своих показаниях министр заявлял, что инкриминируемый ему разговор проходил в присутствии Костина, однако Сечин на допросе в Мосгорсуде главу ВТБ не упоминал. Ключевую роль в уголовном преследовании главы Минэкономразвития сыграл генерал Олег Феоктистов. К ноябрю 2016 года он уже покинул пост замначальника УСБ ФСБ, где курировал работу 6-й службы (ее долгое время называли «сечинским спецназом»), и в статусе прикомандированного сотрудника возглавлял службу безопасности «Роснефти». По словам Феоктистова, именно он посоветовал главе корпорации «проявить гражданскую позицию» и написать в ФСБ заявление о вымогательстве, а также отыскал необходимые для взятки два миллиона долларов — ключевое вещественное доказательство, которое позже генералу ФСБ пришлось возвращать через суд.

«Деньги я попросил у своего хорошего знакомого, частного инвестора. Не объясняя ему причин: он до сих пор не знает, для чего эти деньги. Он мне принес к зданию „Роснефти“. Я здесь же их отвез в соответствующее подразделение службы безопасности, где по акту передал их сотруднику», — говорится в показаниях Феоктистова.

Однако, как утверждает источник Центра «Досье» (s1), данные Феоктистовым показания не соответствовали действительности: на деле идея обратиться в ФСБ с заявлением о вымогательстве со стороны Улюкаева принадлежала непосредственно Игорю Сечину. Он же и предоставил два миллиона долларов, необходимые для оперативного эксперимента. Со стороны ФСБ в деле участвовал Иван Ткачев, возглавлявший банковское управление «К» СЭБ ФСБ. Существует версия, согласно которой непосредственное задержание во дворе офиса «Роснефти» осуществляли не сотрудники УСБ, а бойцы Феоктистова, одетые в черную форму с нашивками ФСБ.

«Улюкаева задержали ребята Олега [Феоктистова], а потом уже передали сотрудникам Ивана Ткачева. Все СМИ написали, что задержали Улюкаева работники ФСБ, хотя это было не так», — утверждает бывший высокопоставленный офицер СКР ФСБ (s18).

Источник Центра «Досье» (s62), бывший высокопоставленный разведчик, указывают на то, что между президентом и Сечиным могло возникнуть недопонимание. По его словам, Путин уклонился от прямых указаний: «Когда Сечин пришел к президенту с вопросом по Улюкаеву, тот ответил „разбирайтесь по закону“. Эта фраза может означать что угодно и Сечин истрактовал ее в меру своей испорченности». Эту точку зрения разделяет и эксперт из близкого окружения экс-директора ФСБ Николая Патрушева (s20).

«Приказ взять Улюкаева в разработку отдал сам Путин еще в ноябре 2015 года. Шестая служба занялась оперативным наблюдением, прослушиванием переговоров, но об аресте речь не шла. Приказ был отдан под влиянием доклада Сечина, предоставившего какие-то бумаги, в которых говорилось о том, что позиция Улюкаева и ряда членов правительства вредит государственной безопасности и эффективному развитию „Роснефти“. В самом факте наблюдения за Улюкаевым ничего особенного нет. Наблюдают за всеми министрами, просто с разной степенью интенсивности».

Вскоре после ареста Улюкаева в СМИ появилась информация о том, что Владимир Путин был крайне недоволен ролью Феоктистова в этом деле и потребовал уволить его со службы в ФСБ. Незадолго до ареста Улюкаева, в июле 2016 года, 6-я служба УСБ провела обыск у главы Федеральной таможенной службы Андрея Бельянинова. За организацией этих действий, по данным «Новой Газеты», стоял Феоктистов. Кадры найденных у таможенника купюр и ценностей практически сразу оказались в СМИ, однако на следующий день Бельянинов встретился с Путиным и смог сохранить свободу. Позже президент неоднократно критиковал методы силовиков, заявляя о недопустимости создания «информационного шума». Именно после этих оперативных мероприятий Феоктистов не получил повышения и был переведен из УСБ ФСБ в аппарат прикомандированных сотрудников. Кроме того, согласно источнику Центра «Досье» (s1), Феоктистов, обладавший правом личного доклада Путину, после дела Сугробова получил от президента прямое указание не проводить больше подобных оперативных экспериментов. Однако Игорь Сечин, предлагая выступить против Улюкаева, сообщил Феоктистову, что самостоятельно «решит вопрос с Путиным». В итоге Феоктистов, полагаясь на главу «Роснефти», нарушил свою договоренность с президентом и навлек на себя его гнев.